Um mitt síðasta ár komu til framkvæmda ný lög um stjórnsýslustofnun samgöngumála - Samgöngustofu. Þá færðust öll verkefni sem áður heyrðu undir Flugmálastjórn Íslands og Umferðarstofu til hinnar nýju stofnunar, ásamt stjórnsýslu- og eftirlitsverkefnum Siglingastofnunar Íslands og leyfisveitingum og umferðareftirliti Vegagerðarinnar. Framkvæmda- og rekstrarverkefni Siglingastofnunar fluttust á sama tíma til Vegagerðarinnar.
Siglingastofnun Íslands fékk vottun á gæðastjórnunarkerfi sitt árið 2005 og hefur unnið að frekari útvíkkun þess síðan. Með framangreindum breytingum á stofnunum ríkisins þá flyst hið vottaða gæðastjórnunarkerfi Siglingastofnunar yfir á Siglingasvið Samgöngustofu. Hefur virkni kerfisins eftir þessar breytingar verið staðfest af Vottun hf.